1、明确二、三级医院使用比例
新版目录发布后，适用范围也有所扩大，将从基层医疗机构逐步扩至各级各类医疗机构。
在新版基药目录相关政策问答中指出，要落实2013 年全国卫生工作会议要求，加强医疗机构用药管理，明确二、三级医疗机构基本药物的具体使用金额比例。
在2013年1月7日召开的全国卫生工作会议上，卫生部要求，2013年基层医疗卫生机构将全部配备使用基本药物；二级医院基本药物使用量和销售额都应达到40%-50%，其中县级医院综合改革试点县的二级医院应达到50%左右；三级医院基本药物销售额要达到25%-30%。
2、基药目录的增补
坚持以省为单位统一增补，不得将权限下放到市(地)、县(市、区)或基层医疗卫生机构，并从严控制增补数量，维护国家基本药物目录的主体地位。2013 年上半年将通过自查和抽查相结合的方式，组织开展增补药品“回头看”，规范和加强增补药品管理。增补药品工作方案报国家基本药物工作委员会办公室备案。
3、基本药物招标采购
坚持以省（区、市）为单位网上集中采购，落实招采合一、量价挂钩、双信封制、集中支付、全程监控等制度。对经多次采购价格基本稳定的基本药物试行国家统一定价；对独家品种试行国家统一定价，也可探索以省（区、市）为单位，根据采购数量、区域配送条件等，直接与生产企业议定采购数量和采购价格；对少数基层必需但用量小、市场供应短缺的基本药物，采取招标定点生产等方式确保供应。鼓励各地进一步探索降低基本药物采购价格、保障供应和质量的有效实现方式和途径。
完善双信封制度在经济技术标评审中，对药品质量、生产企业的服务和信誉等进行全面审查。将企业通过新版GMP 认证作为质量评价的重要指标；在商务标评审中，对竞标价格明显偏低的药品进行综合评估，避免恶性竞争。优先采购达到国际水平的仿制药，激励企业提高基本药物质量。
4、基本药物报销比例
按照国家基本药物制度相关要求，基本药物全部纳入基本医疗保障药品目录。为进一步减轻群众负担，提高基本药物报销比例。基本药物报销比例明显高于非基本药物，降低个人自付比例，用经济手段引导广大群众首先使用基本药物。